Karena itu pengelolaan PTS yang tepat perlu menggunakan cara inovatif, serta harus lebih akuntabel terhadap kinerjanya.
Organisasi Nirlaba.
Melkers J. (2003) mengatakan bahwa perguruan tinggi, seperti organisasi nirlaba (non-profit) lainnya, harus memonitor kualitas keluaran (output) pendidikan dan penelitiannya, atau mengawasi relevansi programnya, juga penggunaan subsidi publik di ranah perguruan tinggi.
Ini jelas membutuhkan sistem manajemen berbasis-kinerja, dan juga mekanisme alokasi terkait-kinerja, guna mendukung penggunaan sumberdaya publik secara efisien.
Penerapan penganggaran berbasis kinerja/PBK pada perguruan tinggi saat ini masih belum optimal dan efektif karena masalah ukuran kinerja yang tepat, atau baru sebatas untuk memenuhi peraturan perundangan (Suryanto & Kurniati, 2020), sebagaimana diatur peraturan Nomor 21 Tahun 2004 terkait praktek manajemen publik, salah satu fokusnya adalah mendorong PTS menerapkan praktek penganggaran berbasis kinerja/PBK (performance-based budgeting) yang dilaksanakan secara bertahap mulai tahun 2005. Konsepsi penerapan PBK akan mendorong peningkatan kinerja PTS.
Baca Juga: Juara Dunia Empat Kali Sebastian Vettel Pamitan dari Formula 1
Penelitian Yuli Anggraini (2016) membuktikan banyak PTS belum menerapkan Perencanaan berbasis outcome yang diikuti dengan Penganggaran Berbasis Kinerja/PBK (performance-based budgeting) karena banyak hal yang menjadi prasyarat dalam keberhasilan penerapan anggaran yang disusun berdasarkan kinerja.
Ia merekomendasikan PTS agar memahami hal-hal yang berkaitan dengan: 1) pembuatan pedoman/acuan rinci pelaksanaan PBK; 2) komitmen dan arahan pimpinan di semua level untuk melaksanakan sistem PBK; 3) sosialisasi dan pelatihan rutin bagi pimpinan maupun staf mengenai PBK; 4) penetapan tupoksi, SOP dan SPM pada setiap unit kerja di lingkungan PTS; 5) monitoring, pengendalian dan arahan pimpinan terkait pelaksanaan tupoksi dengan tujuan mencapai efektifitas dan efisiensi dalam pekerjaan.
Dalam konteks pendidikan tinggi, pengertian kualitas pendidikan mencakup tiga aspek dasar yaitu: masukan (input), proses pendidikan, dan keluaran (output) pendidikan yang perlu mendapat perhatian.