2. Reptilia
Terdapat jenis-jenis ular, diantaranya Sanca Patola, Sanca Kembang, King Kobra, Sanca Sawah Putih.
Selain itu, terdapat Komodo, Kadal Maluku, Kura-Kura Pipi Merah, dan Biawak Salvator.
3. Aves
Kebun Binatang Ragunan mengkonservasi jenis-jenis burung, diantaranya Elang Ikan Kepala Kelabu, Elang Irian, Nuri Coklat, Nuri Merah Pungung Kuning, dan Puyuh Mahkota Sengayan.
Selain itu, terdapat Burung Undan/Pelikan, Flaminggo, dan Bangau Tongtong.
4. Pisces
Terdapat salah satu jenis ikan unik, bernama Arapaima. Ikan ini merupakan jenis ikan tawar terbesar di dunia yang berasal dari perairan daerah tropis Amerika Selatan.
Selain itu, Ikan Arapaima dapat tumbuh maksimal sepanjang tiga meter dan berat dua ratus kilogram.